块茎腐烂病：此病只要危害天麻块茎。主要表现为天麻块茎部位或全部腐烂。天麻块茎腐烂病的块茎皮部萎黄，中心组织腐烂，块茎内部呈异臭稀浆状态。上层天麻块茎有腐烂、萎缩，有的则上部烂一部分或皮层坏死，而下层天麻不会受害。
花茎黑茎病：天麻花茎黑茎病是天麻有性繁殖生产的重要病害，危害天麻花茎，通常由基部开始，初呈黑褐或黑色不规则病斑，后形成黑茎向上扩展，严重时病部缢缩易折断。纵部病茎，可见髓部黑褐色坏死。受害花茎轻者有花，但不结实或者结实率极低，重者花茎从病部缢缩易折断死亡。
日灼病：天麻抽茎开花后，由于未搭阴棚，在向阳的一面茎秆受强光照射而变黑，在雨天，易受病菌侵染而倒伏死亡。
天麻病害防治措施：
（1）生产地选土质疏松排水通气良好地要避开；
（2）选择优质菌材，菌种量要充足，有杂菌（或称米麻）作种源，播种量要充足；
（3）填充料要干压实，也不要漏填，使天麻播后营养充足；
（4）加强窖场管理，做好防旱、防涝，严防窖内积水，保持窖内温度稳定。
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